Í daglegu tali hljómar oft eins og leiðin yfir Fimmvörðuháls sé ein leið en staðreyndin er sú að hægt er að velja fleiri en eina leið.
Í fyrsta lagi er upplifun göngumanna talsvert ólík eftir því hvort gengið er frá Skógum yfir í Þórsmörk eða frá Þórsmörk yfir í Skóga og margir telja að um sitthvora gönguna sé að ræða þó vissulega sé farið yfir sama land. Þá er hægt að velja milli tveggja leiða milli göngubrúaryfir Skógaá og Fimmvörðuskála Útivistar en félagsmenn stikuðu nýja leið árið 2010 með Skógaá. Sú leið er lengri og á henni er gengið meira upp og niður svo heildarhækkun og -lækkun á gönguleiðinni eykst. Við leiðina bætast þó enn fleiri fossar en þegar Skógaheiðin er gengin gefur að líta eina 22 fossa. Á nýrri leið Útivistar eru hvorki meira né minna en 37 fossar. Á göngunni er farið meira en 1.000 metra yfir sjávarmál og veðurfar á Fimmvörðuhálsi getur breyst mjög skyndilega og er ekki endilega í samræmi við veður í Þórsmörk eða Skógum. Þá er mjög algengt að göngumenn gangi einhvern hluta leiðarinnar í þoku. Gott er að kynna sér áhættumat fyrir gönguleiðina sem Ferðafélag Íslands gerði í samvinnu við VÍS auk þess sem allir eru hvattir til þess að kynna sér búnaðarlista og hafa með sér tæki til rötunar, s.s. GPS tæki með ferlum.
Leiðarlýsing frá Skógum yfir í Þórsmörk
1. hluti – Skógarfoss-Göngubrú
2. hluti – Göngubrú-Fimmvörðuskáli